Taksonomi
| Üzerine bir serinin parçası ⓘ |
| Evrimsel biyoloji |
|---|
 |
|
|
KategoriBiyolojide taksonomi (Eski Yunanca τάξις (taxis) 'düzenleme' ve -νομία (-nomia) 'yöntem'), ortak özelliklere dayalı olarak biyolojik organizma gruplarını adlandırma, tanımlama (sınırlandırma) ve sınıflandırma bilimsel çalışmasıdır. Organizmalar taksonlar (tekil: takson) halinde gruplandırılır ve bu gruplara taksonomik bir rütbe verilir; belirli bir rütbedeki gruplar daha yüksek rütbeli daha kapsayıcı bir grup oluşturmak için toplanabilir, böylece taksonomik bir hiyerarşi oluşturulur. Modern kullanımdaki başlıca sıralamalar domain, kingdom, phylum (botanikte bazen phylum yerine bölüm kullanılır), class, order, family, genus ve species'dir. İsveçli botanikçi Carl Linnaeus, organizmaları kategorize etmek için Linnaean taksonomisi olarak bilinen sıralı bir sistem ve organizmaları adlandırmak için binomiyal isimlendirme geliştirdiği için mevcut taksonomi sisteminin kurucusu olarak kabul edilir. ⓘ
Biyolojik sistematiğin teorisi, verileri ve analitik teknolojisindeki ilerlemelerle Linnaean sistemi, hem yaşayan hem de soyu tükenmiş organizmalar arasındaki evrimsel ilişkileri yansıtmayı amaçlayan modern bir biyolojik sınıflandırma sistemine dönüşmüştür. ⓘ
Taksonomi, (Grekçe ταξινομία "taksinomia") biyolojide sınıflandırma bilimidir. Canlıların sınıflandırılması ve bu sınıflandırmada kullanılan kural ve prensipleri içerir. Taksonomi terimi Antik Yunanca'da "taksis" (düzenleme) ve "nomos" (yasa) sözcüklerinin birleşmesinden türetilmiştir. ⓘ
Deney tekniklerinin artması ve gelişmesiyle sistematik ve sınıflandırmadaki çalışmalar da arttı. Evrim teorisiyle birlikte "biyolojik tür" kavramı, "kemotaksonomi", "immunotaksonomi" ve "sayısal taksonomi" gibi taksonominin alt kolları oluşmuştur. ⓘ
Tanım
Taksonominin tam tanımı kaynaktan kaynağa değişir, ancak disiplinin özü kalır: organizma gruplarının kavranması, adlandırılması ve sınıflandırılması. Referans noktası olarak, taksonominin güncel tanımları aşağıda sunulmuştur:
- Bireyleri türler halinde gruplandırma, türleri daha büyük gruplar halinde düzenleme ve bu gruplara isim verme, böylece bir sınıflandırma üretme teorisi ve uygulaması.
- Tanımlama, tanımlama, isimlendirme ve sınıflandırmayı kapsayan bir bilim alanı (ve sistematiğin ana bileşeni)
- Sınıflandırma bilimi, biyolojide organizmaların bir sınıflandırma içinde düzenlenmesi
- "Canlı organizmalara uygulanan sınıflandırma bilimi, türlerin oluşum yollarının incelenmesi vb. dahil"
- "Sınıflandırma amacıyla bir organizmanın özelliklerinin analizi"
- "Sistematik, daha kapsayıcı bir alan olan taksonominin sınıflandırma ve isimlerine dönüştürülebilecek bir model sağlamak için filogeniyi inceler" (arzu edilen ancak alışılmadık bir tanım olarak listelenmiştir) ⓘ
Çeşitli tanımlar ya taksonomiyi sistematiğin bir alt alanı olarak konumlandırmakta (tanım 2), ya bu ilişkiyi tersine çevirmekte (tanım 6) ya da iki terimi eşanlamlı olarak değerlendirmektedir. Biyolojik isimlendirmenin taksonominin bir parçası mı (tanım 1 ve 2) yoksa taksonomi dışındaki sistematiğin bir parçası mı olduğu konusunda bazı anlaşmazlıklar vardır. Örneğin, tanım 6, isimlendirmeyi taksonominin dışına yerleştiren aşağıdaki sistematik tanımı ile eşleştirilmiştir:
- Sistematik: "Canlıların doğal ilişkilerine göre sınıflandırılması, varyasyon ve taksonların evriminin incelenmesi de dahil olmak üzere organizmaların tanımlanması, taksonomisi ve isimlendirilmesi çalışması". ⓘ
1970 yılında Michener ve arkadaşları "sistematik biyoloji" ve "taksonomi "yi (sıklıkla karıştırılan ve birbirinin yerine kullanılan terimler) birbirleriyle ilişkili olarak aşağıdaki şekilde tanımlamıştır:
Sistematik biyoloji (bundan sonra sadece sistematik olarak adlandırılacaktır) (a) organizmalar için bilimsel isimler sağlayan, (b) onları tanımlayan, (c) koleksiyonlarını koruyan, (d) organizmalar için sınıflandırmalar, tanımlanmaları için anahtarlar ve dağılımları hakkında veriler sağlayan, (e) evrimsel geçmişlerini araştıran ve (f) çevresel adaptasyonlarını dikkate alan alandır. Bu, uzun bir geçmişi olan ve son yıllarda özellikle teorik içerik açısından kayda değer bir rönesans yaşayan bir alandır. Teorik materyalin bir kısmı evrimsel alanlarla ilgilidir (yukarıdaki e ve f konuları), geri kalanı ise özellikle sınıflandırma sorunuyla ilgilidir. Taksonomi, Sistematiğin yukarıdaki (a)'dan (d)'ye kadar olan konularla ilgili bölümüdür. ⓘ
Taksonomi, sistematik biyoloji, sistematik, biyosistematik, bilimsel sınıflandırma, biyolojik sınıflandırma ve filogenetik dahil olmak üzere bir dizi terim zaman zaman örtüşen anlamlara sahip olmuştur - bazen aynı, bazen biraz farklı, ancak her zaman ilişkili ve kesişen. Burada "taksonomi "nin en geniş anlamı kullanılmaktadır. Terimin kendisi 1813 yılında de Candolle tarafından Théorie élémentaire de la botanique adlı eserinde tanıtılmıştır. John Lindley 1830 yılında sistematiğin erken bir tanımını yapmıştır, ancak "sistematik botanik" terimini kullanmak yerine "sistematik botanik" terimini kullanmıştır. Avrupalılar biyoçeşitliliğin bir bütün olarak incelenmesi için "sistematik" ve "biyosistematik" terimlerini kullanma eğilimindeyken, Kuzey Amerikalılar "taksonomi" terimini daha sık kullanma eğilimindedir. Bununla birlikte, taksonomi ve özellikle alfa taksonomi, daha spesifik olarak organizmaların tanımlanması, tanımlanması ve adlandırılmasıdır (yani isimlendirme), "sınıflandırma" ise organizmaları diğer organizmalarla ilişkilerini gösteren hiyerarşik gruplar içine yerleştirmeye odaklanır. ⓘ
Monografi ve taksonomik revizyon
Taksonomik revizyon veya taksonomik inceleme, belirli bir taksonun varyasyon modellerinin yeni bir analizidir. Bu analiz, morfolojik, anatomik, palinolojik, biyokimyasal ve genetik gibi mevcut çeşitli karakter türlerinin herhangi bir kombinasyonu temelinde gerçekleştirilebilir. Bir monograf veya tam revizyon, belirli bir zamanda verilen bilgiler için bir takson için ve tüm dünya için kapsamlı bir revizyondur. Diğer (kısmi) revizyonlar, mevcut karakter setlerinden yalnızca bazılarını kullanmaları veya sınırlı bir uzamsal kapsama sahip olmaları anlamında kısıtlı olabilir. Bir revizyon, incelenen takson içindeki alttakslar arasındaki ilişkilerin yeniden yapılandırılması veya yeni anlayışlarla sonuçlanır; bu da bu alttaksların sınıflandırılmasında bir değişikliğe, yeni alttaksların tanımlanmasına veya önceki alttaksların birleştirilmesine yol açabilir. ⓘ
Taksonomik karakterler
Taksonomik karakterler, taksonlar arasındaki ilişkilerin (filogeni) çıkarıldığı kanıtları sağlamak için kullanılabilen taksonomik özelliklerdir. Taksonomik karakter türleri şunları içerir:
|
|
Alfa ve beta taksonomisi
"Alfa taksonomi" terimi günümüzde öncelikle taksonları, özellikle de türleri bulma, tanımlama ve adlandırma disiplinini ifade etmek için kullanılmaktadır. Daha önceki literatürde bu terim, morfolojik taksonomiye ve 19. yüzyılın sonuna kadar yapılan araştırmaların ürünlerine atıfta bulunan farklı bir anlama sahipti. ⓘ
William Bertram Turrill, 1935 ve 1937 yıllarında yayınlanan ve taksonomi disiplininin felsefesini ve gelecekteki olası yönelimlerini tartıştığı bir dizi makalede "alfa taksonomi" terimini ortaya atmıştır.
... taksonomistler arasında, sorunlarını daha geniş bir bakış açısıyla ele alma, sitolojik, ekolojik ve genetik meslektaşlarıyla daha yakın işbirliği olanaklarını araştırma ve amaç ve yöntemlerinde belki de köklü bir revizyon ya da genişlemenin arzu edilebilir olduğunu kabul etme arzusu giderek artmaktadır ... Turrill (1935), yapıya dayanan ve uygun bir şekilde "alfa" olarak adlandırılan eski paha biçilmez taksonomiyi kabul ederken, mümkün olduğunca geniş bir morfolojik ve fizyolojik gerçekler temeli üzerine inşa edilen ve "dolaylı da olsa türlerin ve diğer taksonomik grupların yapısı, alt bölümleri, kökeni ve davranışlarıyla ilgili tüm gözlemsel ve deneysel veriler için bir yer bulunan" daha uzak bir taksonomiye göz atmanın mümkün olduğunu öne sürmüştür. İdeallerin hiçbir zaman tamamen gerçekleştirilemeyeceği söylenebilir. Bununla birlikte, kalıcı uyarıcılar olarak hareket etme gibi büyük bir değere sahiptirler ve eğer belirsiz de olsa bir "omega" taksonomi idealimiz varsa, Yunan alfabesinde biraz ilerleyebiliriz. Bazılarımız şu anda bir "beta" taksonomisinde el yordamıyla ilerlediğimizi düşünerek kendimizi memnun ediyoruz. ⓘ
Turrill böylece ekoloji, fizyoloji, genetik ve sitoloji gibi bir bütün olarak taksonomiye dahil ettiği çeşitli çalışma alanlarını açıkça alfa taksonominin dışında bırakmaktadır. Ayrıca filogenetik yeniden yapılandırmayı da alfa taksonominin dışında tutmaktadır. ⓘ
Daha sonraki yazarlar bu terimi farklı bir anlamda, türlerin (alt türlerin ya da diğer derecelerdeki taksonların değil) sınırlandırılması anlamında, eldeki her türlü araştırma tekniğini kullanarak ve sofistike hesaplama ya da laboratuvar tekniklerini de içerecek şekilde kullanmışlardır. Bu nedenle, Ernst Mayr 1968'de "beta taksonomi "yi türlerden daha yüksek derecelerin sınıflandırılması olarak tanımlamıştır.
Varyasyonun biyolojik anlamının ve akraba tür gruplarının evrimsel kökeninin anlaşılması, taksonomik faaliyetin ikinci aşaması olan türlerin akraba gruplarına ("taksonlar") ayrılması ve bunların daha yüksek kategorilerden oluşan bir hiyerarşi içinde düzenlenmesi için daha da önemlidir. Bu faaliyet, sınıflandırma teriminin ifade ettiği şeydir; "beta taksonomi" olarak da adlandırılır. ⓘ
Mikrotaksonomi ve makrotaksonomi
Belirli bir organizma grubunda türlerin nasıl tanımlanması gerektiği, tür sorunu olarak adlandırılan pratik ve teorik sorunlara yol açmaktadır. Türlerin nasıl tanımlanacağına karar veren bilimsel çalışma mikrotaksonomi olarak adlandırılmıştır. Bunun uzantısı olarak makrotaksonomi, alt cins ve daha üst taksonomik seviyelerdeki grupların incelenmesidir. ⓘ
Tarih
Taksonomik tarihin bazı tanımları taksonomiyi eski uygarlıklara kadar götürmeye çalışsa da, organizmaları sınıflandırmaya yönelik gerçek anlamda bilimsel bir girişim 18. yüzyıla kadar gerçekleşmemiştir. Daha önceki çalışmalar öncelikle tanımlayıcı nitelikteydi ve tarımda ya da tıpta yararlı olan bitkilere odaklanıyordu. Bu bilimsel düşüncenin birkaç aşaması vardır. İlk taksonomi, Linnaeus'un bitkiler için cinsel sınıflandırma sistemi de dahil olmak üzere "yapay sistemler" olarak adlandırılan keyfi kriterlere dayanıyordu (Linnaeus'un 1735 tarihli hayvan sınıflandırması "Systema Naturae" ("Doğa Sistemi") başlığını taşıyordu, bu da onun en azından "yapay bir sistemden" daha fazlası olduğuna inandığını ima ediyordu). Daha sonra, de Jussieu (1789), de Candolle (1813) ve Bentham ve Hooker (1862-1863) gibi "doğal sistemler" olarak adlandırılan, taksonların özelliklerinin daha eksiksiz bir şekilde değerlendirilmesine dayanan sistemler geldi. Bu sınıflandırmalar ampirik kalıpları tanımlıyordu ve evrim öncesi düşünce tarzına sahipti. Charles Darwin'in Türlerin Kökeni Üzerine (1859) adlı kitabının yayınlanması, sınıflandırmalar için evrimsel ilişkilere dayanan yeni bir açıklamaya yol açtı. Bu, 1883'ten itibaren filetik sistemler kavramıydı. Bu yaklaşım Eichler (1883) ve Engler (1886-1892) tarafından ortaya konmuştur. 1970'lerde kladistik metodolojinin ortaya çıkışı, sinapomorfilerin varlığı ile desteklenen tek monofili kriterine dayalı sınıflandırmalara yol açmıştır. O zamandan bu yana, kanıt temeli, çoğunlukla geleneksel morfolojiyi tamamlayan moleküler genetik verilerle genişletilmiştir. ⓘ
Latin öncesi
İlk taksonomistler
İnsan çevresini isimlendirme ve sınıflandırma muhtemelen dilin başlangıcıyla birlikte başlamıştır. Zehirli bitkileri yenilebilir bitkilerden ayırt etmek, insan topluluklarının hayatta kalmasının ayrılmaz bir parçasıdır. M.Ö. 1500'lerden kalma Mısır duvar resimlerinde görülen şifalı bitki illüstrasyonları, farklı türlerin kullanım alanlarının anlaşıldığını ve temel bir taksonominin mevcut olduğunu göstermektedir. ⓘ
Antik çağlar
Organizmalar ilk olarak Aristoteles (Yunanistan, MÖ 384-322) tarafından Midilli Adası'nda kaldığı süre boyunca sınıflandırılmıştır. Varlıkları, canlı doğmak, dört ayaklı olmak, yumurtlamak, kanlı olmak ya da sıcak vücutlu olmak gibi parçalarına ya da modern terimlerle niteliklerine göre sınıflandırmıştır. Tüm canlıları iki gruba ayırdı: bitkiler ve hayvanlar. Anhaima (kansız hayvanlar, omurgasızlar olarak tercüme edilir) ve Enhaima (kanlı hayvanlar, kabaca omurgalılar) gibi bazı hayvan gruplarının yanı sıra köpekbalıkları ve deniz memelileri gibi gruplar bugün hala yaygın olarak kullanılmaktadır. Öğrencisi Theophrastus (Yunanistan, MÖ 370-285) bu geleneği devam ettirerek Historia Plantarum adlı eserinde 500 kadar bitkiden ve bunların kullanım alanlarından bahsetmiştir. Yine, Cornus, Crocus ve Narcissus gibi günümüzde hala tanınan birkaç bitki grubunun izi Theophrastus'a kadar sürülebilir. ⓘ
Ortaçağ
Orta Çağ'da taksonomi büyük ölçüde Aristotelesçi sisteme dayanmakla birlikte, yaratıkların felsefi ve varoluşsal düzenine ilişkin eklemeler de yapılmıştır. Bu, Batı skolastik geleneğindeki büyük varlık zinciri gibi kavramları içeriyordu ve yine nihai olarak Aristoteles'ten türetilmişti. Aristoteles'in sistemi, o dönemde mikroskopların olmaması nedeniyle bitkileri veya mantarları sınıflandırmıyordu, çünkü fikirleri scala naturae (Doğal Merdiven) uyarınca tüm dünyayı tek bir süreklilik içinde düzenlemeye dayanıyordu. Bu da büyük varlık zincirinde dikkate alınmıştır. Procopius, Gaza'lı Timotheos, Demetrios Pepagomenos ve Thomas Aquinas gibi bilginler tarafından ilerlemeler kaydedilmiştir. Ortaçağ düşünürleri, pragmatik taksonomiden ziyade soyut felsefeye daha uygun olan soyut felsefi ve mantıksal kategorizasyonlar kullanmıştır. ⓘ
Rönesans ve erken modern dönem
Rönesans ve Aydınlanma Çağı boyunca, organizmaları kategorize etmek daha yaygın hale gelmiştir, ve taksonomik çalışmalar eski metinlerin yerini alacak kadar iddialı hale geldi. Bu durum bazen organizmaların morfolojisinin çok daha detaylı bir şekilde incelenmesine olanak tanıyan sofistike optik lenslerin geliştirilmesine bağlanmaktadır. Teknolojideki bu sıçramadan yararlanan ilk yazarlardan biri, "ilk taksonomist" olarak adlandırılan İtalyan hekim Andrea Cesalpino'dur (1519-1603). Magnum opus'u De Plantis 1583'te çıktı ve 1500'den fazla bitki türünü tanımladı. İlk tanıdığı iki büyük bitki familyası bugün hala kullanılmaktadır: Asteraceae ve Brassicaceae. Daha sonra 17. yüzyılda John Ray (İngiltere, 1627-1705) birçok önemli taksonomik eser yazdı. Muhtemelen en büyük başarısı, 18.000'den fazla bitki türünün ayrıntılarını yayınladığı Methodus Plantarum Nova'dır (1682). Taksonlarını birçok birleşik karaktere dayandırdığı için, sınıflandırmaları belki de o zamana kadar herhangi bir taksonomist tarafından üretilen en karmaşık sınıflandırmalardı. Bir sonraki önemli taksonomik çalışmalar Joseph Pitton de Tournefort (Fransa, 1656-1708) tarafından üretilmiştir. Onun 1700 tarihli çalışması Institutiones Rei Herbariae, 698 cinste 9000'den fazla tür içeriyordu ve genç bir öğrenci olarak kullandığı metin olduğu için Linnaeus'u doğrudan etkiledi. ⓘ
Linnaean dönemi
İsveçli botanikçi Carl Linnaeus (1707-1778) taksonomide yeni bir çağ başlattı. Başlıca eserleri olan 1735 tarihli Systema Naturae 1. Baskı, 1753 tarihli Species Plantarum ve Systema Naturae 10. Baskı ile modern taksonomide devrim yaratmıştır. Çalışmaları, hayvan ve bitki türleri için standartlaştırılmış bir binomial adlandırma sistemi uyguladı ve bu da kaotik ve dağınık bir taksonomik literatüre zarif bir çözüm olduğunu kanıtladı. Sadece sınıf, takım, cins ve tür standartlarını getirmekle kalmadı, aynı zamanda çiçeğin daha küçük kısımlarını kullanarak bitki ve hayvanları kitabından tanımlamayı mümkün kıldı. Böylece Linnaean sistemi doğdu ve 18. yüzyılda olduğu gibi bugün de temelde aynı şekilde kullanılıyor. Günümüzde bitki ve hayvan taksonomistleri Linnaeus'un çalışmalarını geçerli isimler için "başlangıç noktası" olarak kabul etmektedir (sırasıyla 1753 ve 1758). Bu tarihlerden önce yayınlanan isimler "Linnaean öncesi" olarak adlandırılır ve geçerli kabul edilmez (Svenska Spindlar'da yayınlanan örümcekler hariç). Linnaeus'un kendisi tarafından bu tarihlerden önce yayınlanan taksonomik isimler bile Linnaean öncesi olarak kabul edilir. ⓘ
Modern sınıflandırma sistemi
Linnaeus'un bitki ve hayvan sınıflandırmalarında iç içe geçmiş gruplardan oluşan bir model belirlenmiş ve bu modeller Charles Darwin'in Türlerin Kökeni Üzerine kitabının yayınlanmasından çok önce, 18. yüzyılın sonlarına doğru hayvan ve bitki krallıklarının dendrogramları olarak temsil edilmeye başlanmıştır. "Doğal Sistem" modeli, evrim gibi bir oluşum sürecini gerektirmiyordu, ancak erken dönem transmutasyonist düşünürlere ilham vererek bunu ima etmiş olabilir. Erasmus Darwin'in (Charles Darwin'in büyükbabası) 1796 tarihli Zoönomia'sı ve Jean-Baptiste Lamarck'ın 1809 tarihli Philosophie Zoologique'i türlerin dönüşümü fikrini araştıran ilk eserler arasındadır. Bu fikir, 1844 yılında Robert Chambers tarafından anonim olarak yayınlanan spekülatif ama çok okunan Vestiges of the Natural History of Creation (Yaratılışın Doğal Tarihinin İzleri) adlı eserle Anglofon dünyada popüler hale gelmiştir. ⓘ
Darwin'in teorisiyle birlikte, bir sınıflandırmanın Darwinci ortak soy ilkesini yansıtması gerektiğine dair genel bir kabul hızla ortaya çıktı. Bilimsel çalışmalarda, bilinen fosil gruplarının da dahil edildiği yaşam ağacı gösterimleri popüler hale geldi. Fosil atalara bağlanan ilk modern gruplardan biri kuşlardı. Thomas Henry Huxley, o zamanlar yeni keşfedilen Archaeopteryx ve Hesperornis fosillerini kullanarak, bunların 1842'de Richard Owen tarafından resmi olarak adlandırılan bir grup olan dinozorlardan evrimleştiğini açıkladı. Bunun sonucunda ortaya çıkan, dinozorların kuşları "doğurduğu" ya da kuşların "atası" olduğu şeklindeki tanım, evrimsel taksonomik düşüncenin temel damgasıdır. Paleontologlar, 19. yüzyılın sonları ve 20. yüzyılın başlarında daha fazla fosil grubu bulunup tanındıkça, bilinen grupları birbirine bağlayarak çağlar boyunca hayvanların tarihini anlamaya çalıştılar. 1940'ların başındaki modern evrimsel sentezle birlikte, başlıca grupların evrimine ilişkin esasen modern bir anlayış ortaya çıkmıştır. Evrimsel taksonomi Linnaean taksonomik sıralamalarına dayandığından, iki terim modern kullanımda büyük ölçüde birbirinin yerine kullanılabilir. ⓘ
Kladistik yöntem 1960'lardan bu yana ortaya çıkmıştır. 1958 yılında Julian Huxley klad terimini kullanmıştır. Daha sonra, 1960 yılında Cain ve Harrison kladistik terimini ortaya atmıştır. Belirgin özelliği, taksonları hiyerarşik bir evrim ağacında düzenlemek ve adlandırılan tüm taksonların monofiletik olmasını sağlamaktır. Bir takson, atasal bir formun tüm torunlarını içeriyorsa monofiletik olarak adlandırılır. Kendilerinden çıkarılan torun gruplara sahip olan gruplar parafiletik olarak adlandırılırken, yaşam ağacından birden fazla dalı temsil eden gruplar polifiletik olarak adlandırılır. Monofiletik gruplar sinapomorfiler, ortak türetilmiş karakter durumları temelinde tanınır ve teşhis edilir. ⓘ
Kladistik sınıflandırmalar geleneksel Linnean taksonomisi ve Zoolojik ve Botanik isimlendirme kodları ile uyumludur. Alternatif bir isimlendirme sistemi olan Uluslararası Filogenetik İsimlendirme Kodu ya da PhyloCode önerilmiştir ve bu kodun amacı kladların resmi olarak isimlendirilmesini düzenlemektir. Linnaean rütbeleri, mevcut rütbe tabanlı kodlarla birlikte var olması amaçlanan PhyloCode kapsamında isteğe bağlı olacaktır. Sistematik topluluğun PhyloCode'u benimseyip benimsemeyeceği veya 250 yılı aşkın süredir kullanılan (ve gerektiğinde değiştirilen) mevcut isimlendirme sistemleri lehine reddedip reddetmeyeceği henüz belli değildir. ⓘ
Krallıklar ve etki alanları
Linnaeus'tan çok önce, bitkiler ve hayvanlar ayrı Krallıklar olarak kabul edilirdi. Linnaeus bunu en üst seviye olarak kullandı ve fiziksel dünyayı bitkisel, hayvansal ve mineral krallıklara böldü. Mikroskopideki ilerlemeler mikroorganizmaların sınıflandırılmasını mümkün kıldıkça, krallıkların sayısı artmış, beş ve altı krallık sistemleri en yaygın olanları olmuştur. ⓘ
Etki alanları nispeten yeni bir gruplandırmadır. İlk olarak 1977 yılında önerilen Carl Woese'nin üç-domain sistemi daha sonrasına kadar genel kabul görmemiştir. Üç-domain yönteminin temel özelliklerinden biri, daha önce tek bir krallık olan Bakteriler (bazen Monera olarak da adlandırılan bir krallık) içinde gruplandırılan Arke ve Bakterilerin, hücreleri çekirdek içeren tüm organizmalar için Ökaryota ile ayrılmasıdır. Az sayıda bilim insanı altıncı bir alem olan Archaea'yı dahil etmekte ancak alan yöntemini kabul etmemektedir. ⓘ
Protistlerin sınıflandırılması üzerine kapsamlı yayınlar yapan Thomas Cavalier-Smith, yakın zamanda Archaea ve Eucarya'yı bir araya getiren klad olan Neomura'nın Bacteria'dan, daha doğrusu Actinomycetota'dan evrimleşmiş olabileceğini öne sürmüştür. 2004 yılında yaptığı sınıflandırmada arkeobakterileri Bakteriler krallığının bir alt krallığının parçası olarak ele almış, yani üç alanlı sistemi tamamen reddetmiştir. Stefan Luketa 2012 yılında geleneksel üç alana Prionobiota (aselüler ve nükleik asitsiz) ve Virusobiota'yı (aselüler ancak nükleik asitli) ekleyerek beş "hakimiyet" sistemi önermiştir.
| Linnaeus 1735 |
Haeckel 1866 |
Chatton 1925 |
Copeland 1938 |
Whittaker 1969 |
Woese ve diğerleri. 1990 |
Cavalier-Smith 1998 |
Cavalier-Smith 2015 ⓘ |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2 krallık | 3 krallık | 2 imparatorluk | 4 krallık | 5 krallık | 3 etki alanı | 2 imparatorluk, 6 krallık | 2 imparatorluk, 7 krallık |
| (tedavi edilmedi) | Protista | Prokaryota | Monera | Monera | Bakteriler | Bakteriler | Bakteriler |
| Archaea | Archaea | ||||||
| Ökaryota | Protoctista | Protista | Eucarya | Protozoa | Protozoa | ||
| Chromista | Chromista | ||||||
| Vegetabilia | Plantae | Plantae | Plantae | Plantae | Plantae | ||
| Mantarlar | Mantarlar | Mantarlar | |||||
| Animalia | Animalia | Animalia | Animalia | Animalia | Animalia |
Son kapsamlı sınıflandırmalar
Birçok organizma grubu için kısmi sınıflandırmalar mevcuttur ve yeni bilgiler elde edildikçe revize edilmekte ve değiştirilmektedir; ancak, yaşamın çoğunun veya tamamının kapsamlı, yayınlanmış incelemeleri daha nadirdir; son örnekler, protistlere vurgu yaparak yalnızca ökaryotları kapsayan Adl ve diğerleri, 2012 ve 2019 ve hem ökaryotları hem de prokaryotları Sıralama derecesine kadar kapsayan Ruggiero ve diğerleri, 2015'tir, ancak her ikisi de fosil temsilcilerini hariç tutmaktadır. Ayrı bir derleme (Ruggiero, 2014) ise günümüze ulaşan taksonları Aile derecesine kadar kapsamaktadır. Veri tabanı odaklı diğer uygulamalar arasında Yaşam Ansiklopedisi, Küresel Biyoçeşitlilik Bilgi Tesisi, NCBI taksonomi veri tabanı, Deniz ve Deniz Dışı Cinslerin Geçici Kaydı, Açık Yaşam Ağacı ve Yaşam Kataloğu yer almaktadır. Paleobiyoloji Veritabanı fosiller için bir kaynaktır. ⓘ
Uygulama
Biyolojik taksonomi, biyolojinin bir alt disiplinidir ve genellikle "taksonomist" olarak bilinen biyologlar tarafından uygulanmaktadır, ancak hevesli doğa bilimciler de sıklıkla yeni taksonların yayınlanmasında yer almaktadır. Taksonomi yaşamı tanımlamayı ve düzenlemeyi amaçladığından, taksonomistler tarafından yürütülen çalışmalar biyoçeşitlilik ve bunun sonucunda ortaya çıkan koruma biyolojisi alanı için çok önemlidir. ⓘ
Organizmaların sınıflandırılması
Biyolojik sınıflandırma, taksonomik sürecin kritik bir bileşenidir. Sonuç olarak, kullanıcıya taksonun akrabalarının ne olduğunun varsayıldığı konusunda bilgi verir. Biyolojik sınıflandırma, diğerlerinin yanı sıra (en kapsayıcıdan en az kapsayıcıya doğru) taksonomik sıralamaları kullanır: Etki Alanı, Krallık, Filum, Sınıf, Takım, Aile, Cins, Tür ve Suş. ⓘ
Taksonomik tanımlar
Bir taksonun "tanımı", tanımı veya teşhisi ya da her ikisinin birleşimi ile özetlenir. Taksonların tanımlanmasını düzenleyen belirli kurallar yoktur, ancak yeni taksonların adlandırılması ve yayınlanması bir dizi kurala tabidir. Zoolojide, daha yaygın olarak kullanılan sınıflar (üst familyadan alt türe kadar) için isimlendirme, Uluslararası Zoolojik İsimlendirme Kodu (ICZN Kodu) tarafından düzenlenir. Fizyoloji, mikoloji ve botanik alanlarında, taksonların adlandırılması algler, mantarlar ve bitkiler için Uluslararası Adlandırma Kodu (ICN) tarafından yönetilir. ⓘ
Bir taksonun ilk tanımı beş ana gereklilik içerir:
- Taksona Latin alfabesinin 26 harfini temel alan bir isim verilmelidir (yeni türler için binomial veya diğer sıralamalar için uninomial).
- İsim benzersiz olmalıdır (yani homonim olmamalıdır).
- Tanım, isim taşıyan en az bir tip örneğine dayanmalıdır.
- Taksonu tanımlamak (tanımlamak) veya diğer taksonlardan ayırmak için uygun nitelikler hakkında ifadeler içermelidir (teşhis, ICZN Kodu, Madde 13.1.1, ICN, Madde 38). Her iki kod da bir taksonun içeriğinin tanımlanmasını (sınırlarının çizilmesi) isminin tanımlanmasından bilinçli olarak ayırmaktadır.
- Bu ilk dört gereklilik, kalıcı bir bilimsel kayıt olarak, çok sayıda özdeş kopya halinde elde edilebilecek bir eserde yayınlanmalıdır. ⓘ
Bununla birlikte, genellikle taksonun coğrafi aralığı, ekolojik notlar, kimya, davranış vb. gibi çok daha fazla bilgi dahil edilir. Araştırmacıların taksonlarına nasıl ulaştıkları değişir: mevcut verilere ve kaynaklara bağlı olarak, yöntemler çarpıcı özelliklerin basit nicel veya nitel karşılaştırmalarından, büyük miktarda DNA dizisi verilerinin ayrıntılı bilgisayar analizlerine kadar değişir. ⓘ
Yazar atıfları
Bilimsel bir isimden sonra bir "otorite" yerleştirilebilir. Otorite, adı ilk kez geçerli bir şekilde yayınlayan bilim insanının veya bilim insanlarının adıdır. Örneğin, Linnaeus 1758 yılında Asya filine Elephas maximus bilimsel ismini vermiştir, bu nedenle isim bazen "Elephas maximus Linnaeus, 1758" şeklinde yazılır. Yazarların isimleri sıklıkla kısaltılır: Linnaeus için L. kısaltması yaygın olarak kullanılır. Botanikte, aslında, standart kısaltmaların düzenlenmiş bir listesi vardır (bkz. yazar kısaltmasına göre botanikçiler listesi). Otorite atama sistemi botanik ve zooloji arasında biraz farklılık gösterir. Bununla birlikte, bir türün cinsi orijinal tanımlamadan bu yana değiştirilmişse, orijinal otoritenin adının parantez içinde yer alması standarttır. ⓘ
Fenetik
Taksimetri veya sayısal taksonomi olarak da bilinen fenetikte organizmalar, filogenileri veya evrimsel ilişkileri ne olursa olsun genel benzerliklerine göre sınıflandırılır. Bu da taksonlar arasında bir hipergeometrik "mesafe" ölçüsü ile sonuçlanır. Fenetik yöntemler, paylaşılan atasal (veya plesiomorfik) özellikleri paylaşılan türetilmiş (veya apomorfik) özelliklerden ayırt etmediğinden, modern zamanlarda nispeten nadir hale gelmiş ve büyük ölçüde kladistik analizlerin yerini almıştır. Bununla birlikte, komşu birleştirme gibi bazı fenetik yöntemler, daha gelişmiş yöntemlerin (Bayesian çıkarımı gibi) hesaplama açısından çok pahalı olduğu durumlarda hızlı ilişki tahmincileri olarak varlığını sürdürmüştür. ⓘ
Veritabanları
Modern taksonomi, sınıflandırmaları ve bunların belgelerini aramak ve kataloglamak için veritabanı teknolojilerini kullanır. Yaygın olarak kullanılan bir veri tabanı bulunmamakla birlikte, belgelenmiş her türü listelemeye çalışan Catalogue of Life gibi kapsamlı veri tabanları bulunmaktadır. Katalog, Nisan 2016 itibariyle tüm alemler için 1,64 milyon türü listelemiş ve modern bilim tarafından bilinen tahmini türlerin dörtte üçünden fazlasını kapsadığını iddia etmiştir. ⓘ
Tanımlama ve adlandırma
Linnaeus tarafından türlere iki parçalı adlar verilmesi, günümüzde kullanılan adlandırma sistemlerinin başlangıcı kabul edilir. Zamanla ayrıntılarda ortaya çıkan farklılıkları gidermek ve bilimsel adların uluslararası kabul görmüş kurallarını oluşturmak üzere 19.yy'ın ortalarından itibaren çeşitli kurumlar tarafından yönergeler oluşturuldu. Bugün için bunların başlıcaları şunlardır:
- Uluslararası Su yosunları, Mantarlar ve Bitkiler Adlandırma Yasası (International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants – ICN), Temmuz 2011'de kabul edilerek daha önceki 'Uluslararası Botanik Adlandırma Yasası'nın (International Code of Botanical Nomenclature, ICBN) ve daha da eski Uluslararası Botanik Adlandırma Kuralları'nın (International Rules of Botanical Nomenclature) yerini almıştır.
- Uluslararası Zoolojik Adlandırma Yasası (International Code of Zoological Nomenclature – ICZN)
- Uluslararası Bakteri Adlandırma Yasası (International Code of Nomenclature of Bacteria – ICNB)
- Uluslararası Kültivar Adlandırma Yasası (International Code of Nomenclature for Cultivated Plants – ICNCP)
- Uluslararası Fitosenoz Adlandırma Yasası (International Code of Phytosociological Nomenclature)
- Uluslararası Virüs Taksonometrisi Komitesi (International Committee on Taxonomy of Viruses – ICTV) ⓘ
Taksonomik kategoriler
Yüksek kategori
Takım, sınıf, şube kategorilerini içinde bulunduran familyanın üzerinde bulunur. Kıyaslamalı bilgilerle meydana getirilir. Bu kategoriler sabittir. ⓘ
Familya
Yüksek kategoriler içerisinde de sayılabilir. Genel olarak dünyanın tüm kıtalarına yayılmış türleri kapsayabilir. İçerisinde alttür, tür, tribü ve altfamilyalar bulunur. Cins sayısına göre ikiye ayrılır. Bir familya tek bir cins ile temsil ediliyorsa buna monotipik familya, birçok cins ile temsil ediliyorsa politipik familya adı verilir. Üst familya, birbirlerine benzeyen familyaların bir araya getirilmesiyle oluşturulur. Alt familya, familya içerisindeki birbirine benzeyen cinslerin bir araya getirilmesiyle oluşturulur. Tribü ise altfamilya içerisindeki birbirine benzeyen cinslerin bir araya getirilmesiyle oluşur. ⓘ
Cins
Bilimsel ismi genus, çoğul olarak kullanımı ismi generadır. Yüksek kategorilerin en alt basamağıdır. Birbirine benzeyen veya birbirleriyle akraba olan bir veya birçok türün meydana getirdiği taksonomik topluluktur. Bir cins, tip olarak seçilen türler vasıtasıyla tespit edilir. Sahip olduğu tür sayısına göre ikiye ayrılır. Eğer tek tür içeriyorsa monotipik cins, birden fazla türe sahip ise politipik cinstir. Büyük cins topluluğuna bağlı çok sayıda türün teşhisinde ortaya çıkan sorunlar için birbirlerine benzeyenler bir araya getirilir ve altcinsler oluşturulur. ⓘ
Tür
Bu kavramın ilk kullanıcısı John Ray olmuştur. Ortak özellikler taşıyan fertlerin toplamını içeren biyolojik bir gruptur. Morfolojik özelliklerine göre gruplara ayrılır. Bu gruplar: Çevreye uyum sağlamasına göre dar ve geniş toleranslı, döl sayısına göre çok sayıda, yılda bir kere ve birkaç yılda bir kere, üreme şekline göre eşeyli, eşeysiz, hermafrodit ve ikiz, coğrafi dağılışlarına göre simpatrik ve allopatrik, son olarak sahip olduğu alttür sayısına göre ise monotipik ve politipik’tir. Alttür, türün altında yer alan en küçük taksonomik kategoridir. Sadece politipik türlerde görülür. Bu terim bazen ırk terimi ile aynı anlamda kullanılmıştır. Coğrafi olarak belirli alana lokalize olmuş topluluklardır. Tamamen aynı ekolojik özelliklere sahip aynı alanlar bulunmadığına göre her alttür, teorik olarak ekolojik ırk kabul edilir. ⓘ
Ara veya geçit popülasyonlar
Alttürler birbirlerine yakın alanlarda bulunur ve aralarında ciddi bir engel olmazsa bu alttürlerin birbirlerine yakın olduğu yerlerde veya birleşme alanlarında ara/geçit popülasyonlar meydana gelir. ⓘ
Nötr terimler
Taksonomide kullanılıp, uluslararası adlandırma yasaları içinde yer almayan form, varyete, grup, kompleks, cohort, seksiyon, series, division gibi terimlerdir. ⓘ
Taksonomik karakterler
Türleri birbirinden ayırmak için taksonomik karakterlerini bulmak gerekir. İlk taksonomistler sadece morfolojik karakterlere önem vermişlerdir. Bu modern taksonomide tek başına yeterli olmamış ve taksonomik karakterler beş gruba ayrılmıştır. ⓘ
Morfolojik karakterler
Kendi içinde beş gruba ayrılır:
- Genel dış morfolojik özellikler: Boy, genel yapı, renk, vücut örtüsü, kıllanma durumu, baş durumu ve morfometrik ölçümdür.
- Genital organlar: Özellikle erkek genital organları, böceklerin teşhisinde yaygın olarak kullanılır. Genital organ yapıları genel olarak benzerlik gösterir.
- Anatomik özellikler: Bu özelliklerden yüksek taksonomi kategorilerinin belirlenmesinde yararlanılır.
- Ergin öncesi dönemler ve embriyoloji: Ergin öncesi dönemler daha çok böcek gruplarını belirlemede yararlanılır. Emriyoloji ise daha çok akrabalık ilişkilerini belirlemede kullanılır.
- Kromozom özellikleri: Kromozom sayıları, tipleri ve boyutları taksonomide yararlanılan en önemli kromozom özelliklerindendir. ⓘ
Fizyolojik karakterler
Morfolojik karakterler ile beraber kullanılır. Zorunlu olmadıkça başvurulmaz. Bunun nedeni canlı birey ve özel aletlere olan ihtiyaçtır. ⓘ
Ekolojik karakterler
Morfolojik karakterlerden sonra en çok yararlanılan ikinci gruptur. Kendi içerisinde beş gruba ayrılır.
- Habitatlar: Her canlı türünün kendisi özgü olan yaşam alanıdır.
- Konukçu ve besin: Bitki türleri ve böcekler arasındaki ilişkileri belirlemek için yararlanılır.
- Parazitoit ve predatörler: Her türün kendisine özgü düşmanları bulunur. Bu düşmanları tanımlamak amacıyla bu özelliklerden yararlanılır.
- Konukçu reaksiyonları: Bitkilerin üzerinden beslenenlere karşı gösterdiği reaksiyonlardır.
- Çevre faktörlerine tolerans: Birbirine çok benzeyen bazı türlerin çevre faktörlerine göre birbirinden ayrılmasıdır. ⓘ
Etolojik karakterler
Bu karakterlerden yararlanmak için canlılar üzerinde çalışmak gerekir. Etolojik davranış hareketleri ise, ses çıkarma, ışık verme, çiftleme, yumurta bırakma, zarar verme şekli, yuva yapma ve biyolojik davranışlardır. ⓘ
Coğrafi Karakterler
Hayvanlar aleminin belirli sistematik gruplamalarını belirli kıtalar üzerinden belirmeye yarar. ⓘ
Taksonomik çalışmalar üç ana başlık altında toplanabilir
Alfa taksonomi
Sadece tür, cins gibi kategorilerdeki taksonların isimlendirilmesi ve tanımlanması düzeyinde yapılan çalışmaları kapsar. Bu tür çalışmalar Linne ile başlamış olup günümüzde özellikle tür sayısı bakımından çok zengin hayvan ve bitki gruplarında hâlâ sürdürülmektedir. Alfa taksonomi diğer beta ve gamma tiplerine göre daha ilkel değil, sadece farklı çalışma metotlarıyla karakterize edilir. Her canlı grubunda ilk çalışmalar alfa düzeyde yapılmış, ancak sorunların artık çözümlenemediği durumlarda beta ve gamma taksonomi metotlarına baş vurulmuştur. Hâlâ alfa taksonomi çalışmalarına ihtiyaç duyulan gruplarda bunu bir kenara bırakıp beta ve gamma taksonomisi ile çalışmaya kalkmak anlamsızdır. ⓘ
Beta taksonomi
Bu tip çalışmalarda tür ve daha yukarı kategorilerdeki akrabalık durumları incelenir, daha çok sağlam bir sınıflandırma sisteminin gelişimi üzerinde durulur. ⓘ
Taksonomi Piramidi
| Taksonlar ⓘ |
|---|
| Üst Alem |
| Alem |
| Alt Alem |
| Grup |
| Üst Şube |
| Şube |
| Alt Şube |
| Üst Sınıf |
| Sınıf |
| Alt Sınıf |
| Üst Takım |
| Takım |
| Alt Takım |
| Üst Familya (Aile) |
| Familya (Aile) |
| Alt Familya (Aile) |
| Oymak |
| Cins |
| Tür |
| Alt Tür |
Taksonomik Ekler Tablosu
| Takson | Bitkiler | Yosunlar | Mantarlar | Hayvanlar ⓘ |
|---|---|---|---|---|
| Bölüm / Şube | -phyta | -phyta | -mycota | |
| Alt bölüm / Alt Şube | -phytina | -phytina | -mycotina | |
| Sınıf | -opsida | -phyceae | -mycetes | |
| Alt sınıf | -idae | -phycidae | -mycetidae | |
| Takım | -ales | -ales | -ales | |
| Alt takım | -ineae | -ineae | -ineae | |
| Üst familya | -acea | -acea | -acea | -oidea |
| Familya | -aceae | -aceae | -aceae | -idae |
| Alt familya | -oideae | -oideae | -oideae | -inae |
| Oymak | -eae | -eae | -eae | -ini |
| Alt oymak | -inae | -inae | -inae | -ina |
| Cins | ||||
| Tür | ||||
| Alt tür |
Sınıflandırmada ortaya çıkan bazı sorunlar
Eş anlamlılık (sinonimlik)
Aynı taksona farklı isimlerin verilmesiyle ortaya çıkan sorundur. Araştırmacıların buldukları canlıya farklı isimler vermesi ve bu şekilde yayınlamaları, o canlının farklı iki tür olarak algılanmasına yol açar. Bunun gibi durumlarda saptanma ve sıralanma açısında verilen isimlerden yıl, aynı yılda ise ay, aynı ayda ise gün, aynı dergi içinde ise sayfa, aynı sayfada ise satır önceliğine bakılır. ⓘ
Eş adlılık (homonimlik)
Aynı bilimsel ismin iki veya daha fazla canlıya verilmesi sorunudur. Eş anlamlılıkta geçen öncelik ilkesi burada da geçerlidir. Önceki tarihte geçen isim kullanılır, diğer isim bir daha kullanılmaz. ⓘ